Dalam rangka mewujudkan tata kelola universitas yang baik, pada 26 Agustus - 8 September 2018 tim auditor Inspektorat Jenderal Kementerian Agama melakukan tugas penilaian kinerja di UIN Sunan Kalijaga bertempat di ruang pertemuan pimpinan lantai 3 Gedung KH Saifuddin Zuhri.

Beberapa aspek yang dinilai meliputi tepat standart biaya, tepat prosedur, tepat guna, tepat sasaran, tepat jumlah, dan tepat waktu.

Proses penilaian kinerja mulai dari entry meeting, pengumpulan dokumen laporan kegiatan tahun anggaran 2017, analisis dokumen kegiatan, investigasi laporan kegiatan, notisi audit kinerja, dan ekspose hasil audit kinerja. UIN Sunan Kalijaga memperoleh nilai kinerja sejumlah 81,212 (kategori baik).