Visi:

“Menjadi Satuan Pengawasan Internal yang profesional, independen, dan objektif dalam membantu universitas guna mewujudkan good university governance”.

Misi:

1. Meningkatkan tatakelola keuangan yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel.
2. Meningkatkan tatakelola sumber daya manusia yang profesional.
3. Meningkatkan tatakelola aset dan BMN yang efektif, transparan, dan akuntabel.
4. Meningkatkan tatakelola sistem informasi yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel.

Tujuan:

1. Terwujudnya tatakelola keuangan yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel.
2. Terwujudnya tatakelola sumberdaya manusia yang profesional.
3. Terwujudnya tatakelola aset dan BMN yang efektif, transparan, dan akuntabel.
4. Terwujudnya tatakelola sistem informasi yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel. 

​(Sumber: Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 28 Tahun 2018 tentang Penetapan Piagam Satuan Pengawasan Internal (SPI) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta)