Sistem Manajemen Strategis (SMS) merupakan program penguatan peran strategis Satuan Pengawasan Internal (SPI) dalam pengendalian dan pengawasan di perguruan tinggi keagamaan islam negeri di bawah Kementerian Agama. Pada Rabu, 26 Desember 2018 tim pemantau dari Diktis Kemenag mengunjungi UIN Sunan Kalijaga dan disambut oleh tim SPI untuk berdiskusi mengenai program kerja SMS tersebut.

Dalam diskusi singkat tersebut Sekretaris SPI, Dr. Sriharini, M.Si. mengungkapkan bahwa program kerja SMS yang telah dilakukan sejak 2017 hingga 2018 perlu dilakukan koordinasi lebih matang di tingkat pusat.

Program SMS tersebut seyogyanya perlu dipetakan kembali sejauh mana payung hukum yang dapat menaungi kegiatan ini agar ke depannya dapat berjalan dengan lebih optimal dan sesuai dengan core framework SPI sesuai dengan amanah PMA 25/2017.