Satuan Pengawasan Internal adalah unsur pengawas yang menjalankan fungsi pengawasan nonakademik untuk dan atas nama Pemimpin Perguruan Tinggi dalam hal ini Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Satuan Pengawasan Internal dipimpin oleh seorang kepala dan dibantu oleh seorang sekretaris yang diangkat dan diberhentikan oleh Rektor setelah mendapat pertimbangan Badan Pertimbangan Jabatan dan Kepangkatan (Baperjakat).

Masa Jabatan Kepala dan Sekretaris Satuan Pengawasan Internal mengikuti masa jabatan Rektor.

Sistem pengendalian internal dievaluasi terus menerus oleh Satuan Pengawasan Internal, dan secara periodik dilaporkan kepada Rektor.

Laporan keuangan universitas diaudit oleh Satuan Pengawasan Internal sebagai salah satu bahan laporan pertanggungjawaban pengelolaan universitas setiap tahun oleh Rektor yang disampaikan dalam bentuk laporan tahunan kepada Direktur Jenderal dan Senat.