Satuan Pengawasan Internal (SPI) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta berwenang untuk:

1. Menentukan prosedur dan ruang lingkup pelaksanaan pengawasan;
2. Memperoleh akses tidak terbatas atas seluruh dokumen, pencatatan, sumber daya manusia, data, informasi, sarana prasarana, dan objek pemeriksaan lainnya pada seluruh bagian dan unit kerja;
3. Melakukan komunikasi secara langsung dengan Rektor dan/atau Dewan Pengawas;
4. Mengusulkan kepada Rektor untuk memberikan penghargaan atau sanksi kepada fakultas, pascasarjana,  lembaga, unit, dan/atau penanggungjawab kegiatan dalam proses pengawasan internal;
5. Melakukan koordinasi dengan aparat pengawas internal pemerintah dan/atau aparat pemeriksaan ekstern pemerintah;
6. Mengadakan rapat secara berkala dan insidental dengan Rektor dan/atau Dewan Pengawas;
7. Melakukan penelitian, verifikasi, pengujian, analisis, konfirmasi, dan penilaian atas dokumen, data, dan informasi berkaitan dengan objek pemeriksaan internal;
8. Menggunakan tenaga ahli/auditor dari luar SPI jika diperlukan;
9. Melakukan pendampingan dan koordinasi dengan aparat pengawas intern pemerintah dan pemeriksa eksternal; dan
10. Mendampingi aparat pengawasan internal pemerintah dan/atau aparat pemeriksaan eksternal pemerintah dalam melakukan pengawasan.